Gárdonyi Géza „Isten rabjai” című regénye a tatárjárás utáni Magyarországot tárja az olvasó elé. A történet középpontjában egy kis kertészlegény áll, aki reménytelen szerelmet táplál Margit királykisasszony iránt. Margit nemcsak jóságával, hanem szépségével is lenyűgözi a fiatalembert. A királykisasszony azonban életét Isten szolgálatának szenteli, ami révén a regény betekintést nyújt a 13. századi kolostori életbe, bemutatva a női és férfi kolostorok mindennapjait.
Első rész
Az „Isten rabjai” című regény első részében IV. Béla korában kalauzol el minket Gárdonyi Géza. A történet Fejérvárban kezdődik, ahol János kertész, érezve közeledő halálát, összehívja fiát, Jancsit, hogy átadhassa neki a kertészet fortélyait, ám váratlanul elhuny. Az özvegy, Julis asszony és kisfia, Jancsi Budára, a Nyulak szigetére (mai Margit-sziget) kerülnek, ahol egy éppen épülő kolostor kertjét kell gondozniuk.
Mindkettőjük számára ez új kezdetet jelent, különösen Jancsinak, aki izgatottan várja, hogy a szigeten élhessen Margit királykisasszony közelében. A fővárosban Jancsi megismerkedik a királyi udvarral és személyesen is találkozik Margittal, aki lenyűgözi őt. A történet fordulatot vesz, amikor anyát és fiát elválasztják: Julis asszonynak apácává kell válnia, Jancsit pedig szerzetesnek nevelik tovább, beavatva őt a rend szigorú fegyelmébe.
Második rész
A „Második rész” nyolc évvel az első után veszi fel a történet fonalát. Jancsi az évek alatt erős, felnőtt legénnyé ér, fizikai erejét pedig egy országjárás során bizonyítja, amikor fogadásból legyőz egy nemes urat. Közben Margit is felnőtt szép leánnyá, és Jancsi egyre gyakrabban álmodik róla, alig várva a találkozást. Azonban ritkán adódik alkalmuk találkozni, egy alkalommal mégis sikerül közelebb kerülnie hozzá, amikor Jancsi egy imádságot másol át neki, miután az eredetit Győrben felejtette.
Ezekben az időkben IV. Béla király békekötésre jut a cseh királlyal, mely szerint Margitot feleségül kellene adni a cseh uralkodónak. Margit azonban kitart amellett, hogy apáca szeretne maradni. Végül egy kompromisszum születik: egy unokahúgát adják feleségül a cseh királynak. Ez az esemény Margit és az apácatársai, valamint a királyi pár közötti viszony hűvösségét eredményezi. Margit azonban eléri célját, véglegesen apácává szentelik és levágják a haját.
Harmadik rész
A „Harmadik rész” az ország belső viszályával kezdődik, ahol IV. Béla király és idősebbik fia, István közötti konfliktus kiéleződik. István hadat üzen apjának, és győzelmet is arat Isaszegnél. A királyi családon belüli szakadás mély fájdalmat okoz a királyi párnak. Ebben a feszült helyzetben Margit, a család leánya, extrém módon próbálja kibékíteni apját és bátyját: saját testét sündisznóbőrrel borított ostorral vereti véresre.
A családi viszály végül enyhül, a király és fia kibékülnek, de a király hamarosan elhuny, és nem sokkal később felesége is követi őt a halálba. Közben a kolostorban felfedezik Jancsi Margit iránti plátói szerelmét tükröző írásait, amiért először eltiltják a kolostortól, de később, mint kertészre szorulva, visszahívják. Margit eközben egyre inkább gyötri magát, és híre terjed különleges képességeiről, amikor Jancsit meggyógyítja egy hidegleléstől.
Margit végül a sok önkínzás következtében legyengül, és egy megfázásban elhuny. Halála után Jancsi a kertben nevelt liliomot helyezi a királykisasszony felravatalozott testére, mivel úgy érzi, a liliom tökéletesen szimbolizálja Margit életét: minél nemesebb a növény, annál több nehézségen kell átesnie, ahogyan azt még gyermekkorában apjától megtanulta.